Una expresión regular para tratar los NIF españoles eliminando todos los caracteres que no sean números o letras. Además, comprueba el tamaño del NIF para eliminar el código de país (identificador fiscal comunitario) si fuera necesario:

select result1 ORIGINAL_TAXID, 
    upper(
        regexp_replace( 
            regexp_replace(result1, '[^[:alnum:]]', ''), -- Remove non-digit and non-alphabetic characters 
            '^(ES)([[:alnum:]]{9})$', -- Identify spanish NIFs with country code 
            '\2')) CLEAN_AND_NATIONAL_TAXID -- Remove spanish country code 
from ( 
    WITH test AS
     (SELECT 'ESA45678901,B23456789,GB3456789,12345678L,B234567890123,ES-A45678901,B.23456789,GB3::456789,B234_567_890123' col1 FROM dual) 
    SELECT regexp_substr(col1, '[^,]+', 1, rownum) result1 
      FROM test 
    CONNECT BY LEVEL <= regexp_count(col1, ',') + 1);

El resultado es:

ORIGINAL_TAXID	CLEAN_AND_NATIONAL_TAXID
--------------  ------------------------
ESA45678901	A45678901
B23456789	B23456789
GB3456789	GB3456789
12345678L	12345678L
B234567890123	B234567890123
ES-A45678901	A45678901
B.23456789	B23456789
GB3::456789	GB3456789
B234_567_890123	B234567890123

En el artículo Tratamiento de NIF españoles se muestra una expresión regular para añadir el código de país.